Kunz, Matěj, 1998-
Vliv nadprodukce scr3559 RNA na syntézu klinicky relevantních antibiotik u streptomycet [rukopis] / Matěj Kunz. -- 2025. -- 122. -- Ved. práce Jan Bobek. -- Oponent Lukáš Bystrianský. -- Abstrakt: Bakterie rodu Streptomyces jsou významnými producenty antibiotik, z nichž mnohá jsou běžně používaná v klinické medicíně. Jejich produkce je řízena širokou škálou regulačních mechanismů zahrnujících nekódující RNA, jako je scr3559 RNA, u níž byl prokázán významný vliv na produkci antibiotik u Streptomyces coelicolor, modelového organismu tohoto rodu. Vzhledem k tomu, že tento kmen neprodukuje žádné široce používané antibiotikum, bylo cílem této práce najít homologní sekvence k scr3559 u kmenů S. ambofaciens, S. avermitilis, S. griseus, S. lincolnensis a S. sp. TR1341, které jsou producenty klinicky významných sekundárních metabolitů. Homologní sekvence byly nalezeny pomocí in silico analýzy a jejich přítomnost byla potvrzena v genomové DNA bakterií pomocí PCR. S využitím RT-PCR byla potvrzena RNA exprese těchto homologů ve 4denní kultivaci S. ambofaciens a 4denní a 6denní kultivaci S. lincolnensis a S. sp. TR1341. Dále byly zkonstruovány dva nové bakteriální kmeny: S. lincolnesis-Ms1, do kterého byl vnesen plazmid pMS17 s vloženou homologní sekvencí, a S. lincolnensis-L0, který obsahuje nezměněný pMS17 a slouží jako kontrolní kmen pro budoucí fenotypové analýzy.. -- Abstrakt: The genus Streptomyces is a major producer of antibiotics, many of which are commonly used in clinical medicine. Their production is controlled by a wide variety of regulatory mechanisms including the use of non-protein coding RNAs such as scr3559 RNA, which was shown to have significant effects on antibiotic production in Streptomyces coelicolor, a model organism of the genus. Since the strain does not produce any widely used antibiotic, the aim of this thesis was to find homologous sequences to scr3559 in S. ambofaciens, S. avermitilis, S. griseus, S. lincolnensis, and S. sp. TR1341, all of which are known producers of clinically important secondary metabolites. The homologous sequences were found using in silico analysis and their presence confirmed in the bacterial genomic DNA using PCR. Using RT-PCR, RNA expression of the homologues was confirmed in a 4-day cultivation of S. ambofaciens, and 4-day and 6-day cultivations of S. lincolnensis, and S. sp. TR1341. Finally, two novel bacterial strains were constructed: S. lincolnesis-Ms1, to which the pMS17 plasmid with the inserted homologous sequence was introduced; and S. lincolnensis-L0, which contains the unaltered pMS17 and serves as a reference for future phenotypic analyses.
Bobek, Jan. Bystrianský, Lukáš, 1997 -. Univerzita J.E. Purkyně v Ústí nad Labem. Katedra chemie
scr3559 RNA. sekundární metabolity. S. ambofaciens. S. avermitilis. S. griseus. S. lincolnensis. S. sp. TR1341. scr3559 RNA. secondary metabolites. S. ambofaciens. S. avermitilis. S. griseus. S. lincolnensis. S. sp. TR1341. bakalářské práce
(043)378.22